Ocho años más tarde, el Tribunal Constitucional le ha dado la razón a la Junta de Andalucía en cuanto a sus pretensiones de control sobre Cajasur.
La sentencia del Tribunal Constitucional decreta que las competencias acerca de la organización interna de Cajasur, al igual que al resto de cajas de ahorros, están en manos de la administración pública regional.
Sin embargo, y a pesar de todo, la sentencia no va a tener ningún efecto en la práctica; ya que la nueva legislación en materia de ordenación de cajas de ahorros recorta dichas competencias públicas. Tampoco existe ya Cajasur, que el 16 de julio del presente ejercicio fue absorbida por BBK.
El 30 de enero de 2003 el Parlamento Autónomo de Andalucía presentó un recurso de inconstitucionalidad ante el Tribunal. Entonces estaba en el poder el Partido Popular, que en opinión del gobierno socialista andaluz le arrebató competencias para dejarlas en poder de la Iglesia católica, propietaria de la caja de ahorros cordobesa.
La disputa contencioso administrativa que siguió se saldó con un acuerdo por el que la Junta de Andalucía asumía las competencias señaladas a cambio de conceder el 30% de la representación de los órganos de gobierno de la entidad a la Iglesia.